โรงพยาบาลอานันทมหิดลเป็นสถาบันฝึกอบรมแพทย์หลังปริญญา ซึ่งได้รับอนุมัติจากแพทยสภาจำนวน  1 หลักสูตร คือ หลักสูตรแพทย์ประจำบ้านสาขาอายุรศาสตร์ โดยมีกองอายุรกรรมเป็นหน่วยงานรับผิดชอบหลักสูตร
กองอายุรกรรมได้มีการพัฒนาด้านการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาอายุรศาสตร์อย่างต่อเนื่องมาโดยลำดับ ในปี พ.ศ. 2556 ได้เริ่มเปิดฝึกอบรมเป็นรุ่นแรก ปัจจุบันมีแพทย์เข้ารับการฝึกอบรมเป็นรุ่นที่ 6 (ปี พ.ศ.2562) และจบหลักสูตรแล้วจำนวน 3 รุ่น

                กองอายุรกรรมมีผู้เชี่ยวชาญหลากหลายสาขา ได้แก่ อายุรแพทย์โรคไต อายุรแพทย์โรคหัวใจ อายุรแพทย์ทางเดินอาหารและตับ อายุรแพทย์โรคผิวหนัง อายุรแพทย์โรคติดเชื้อ อายุรแพทย์ต่อมไร้ท่อ  อายุรแพทย์โรคปอด และประสาทแพทย์  เพื่อให้การดูแลรักษาผู้ป่วยและฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านให้มีประสิทธิภาพสูงสุด

พันธกิจของการฝึกอบรม
               
                หลักสูตรการฝึกอบรม มีเป้าหมายในการฝึกอบรมและปฏิบัติงานด้านอายุรศาสตร์แก่ แพทย์ประจำบ้าน ให้เพียบพร้อมด้วยความรู้ด้านวิชาการ คุณธรรม และจริยธรรม เป็นบุคคลที่จะทำประโยชน์ต่อสังคมและประเทศชาติ สร้างผลงานวิจัยที่มีคุณภาพระดับสากลอย่างต่อเนื่องเพื่อนำมาประยุกต์ใช้ในการพัฒนาเวชบริการ และเป็นประโยชน์แก่ผู้ป่วยและสังคม ให้บริการทางอายุรกรรมที่ได้มาตรฐานถูกต้องตามหลักวิชาการแก่ ข้าราชการทหารและครอบครัว รวมถึงประชาชนทั่วไป ให้ความรู้ทางอายุรศาสตร์แก่ประชาชนทั่วไป ปฏิบัติภารกิจตามที่ได้รับมอบหมายจากหน่วยเหนือได้อย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล นอกจากความรู้และทักษะด้านอายุรศาสตร์แล้ว ผู้สำเร็จการฝึกอบรมต้องมีความรู้ ความเป็นมืออาชีพ ทักษะการสื่อสาร การปฏิบัติงานแบบสหวิชาชีพ และสอดคล้องกับระบบบริการสุขภาพของทหาร และของประเทศ ตลอดจนต้องเป็นผู้ที่รู้ข้อจำกัดของตนเอง และมีความสามารถในการเรียนรู้เพื่อพัฒนาวิชาชีพอย่างต่อเนื่อง พร้อมปรับตัวตามความหลากหลายทางวัฒนธรรมของประเทศไทย  

หลักสูตรอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาอายุรศาสตร์

วิสัยทัศน์ อายุรศาสตร์ก้าวหน้า  อานันทมหิดลก้าวไกล  ใส่ใจในวิชาการ  เชี่ยวชาญเวชศาสตร์ทหาร เพรียบพร้อมด้านจริยธรรม